阿尔金山自然保护区地处东昆仑中段北坡大型凹陷盆地中，东邻柴达木盆地，南倚昆仑山与藏北高原。人迹罕至，成为地球上少有的空白区之一。
莽莽昆仑逶迤于保护区南缘，气势宏伟。这里被描绘成人们难以接近的世上乐园。有关昆仑的神话广为流传至今,是一处笼罩着神秘色彩而引人遐想的地域。
保护区四周群峰相簇的冰山雪峰，区域内近万平方公里与现代气候极不相似的古岩溶，碧波荡漾的高山湖泊。大面积的高山和多种冰缘地貌，3000多平方公里海拔在3900---5000米的沙漠，沙湖相间，沙湖共存等现象。不仅为多学科研究提供了条件，也构成了保护区内的奇特景观。这里还散布着先民们留下的石刻和时代不同的哈萨克坟遗迹，给高原盆地更增添了神秘色彩。